Historie civilního mezinárodního letiště Pardubice je datována od roku 1995 respektive 1994. Do tohoto data bylo jako vojenské letiště výhradně využíváno pro vojenské účely. Do roku 1989 nebyl civilní provoz z důvodů politických a vojenských na letišti myslitelný. Změna politické situace v ČR po tomto datu umožnila rovněž i změnu postoje Ministerstva obrany k možnosti otevření letiště civilním provozovatelům a to nejen tuzemským, nýbrž i zahraničním.

Za účelem otevření letiště pro civilní letový provoz byla v roce 1993 z iniciativy soukromých subjektů založena společnost East Bohemian Airport a.s. (EBA). Ta nechala v roce 1994 zpracovat studii využitelnosti a započala jednání s představiteli MO. Počátečním výsledkem těchto jednání byly první ojedinělé lety civilních letadel na letiště po předchozím povolení velení letecké základny. Ke změně tohoto stavu došlo v roce 1995, kdy bylo ministrem obrany vydáno společnosti EBA a.s. povolení k využívání dosud výhradně vojenského letiště pro civilní účely.

Ve stejném roce bylo Úřadem pro civilní letectví uděleno společnosti EBA a.s. oprávnění k provozování letiště a rozhodnutím Ministerstva dopravy a spojů, Odboru civilního letectví byl dán společnosti EBA a.s. souhlas k poskytování služeb při odbavovacím procesu na letišti Pardubice. Oficiálně bylo letiště pro civilní provoz otevřeno 18.5.1995. Od 1.11. 1996 je letiště schváleno pro provoz za podmínek IFR.

V roce 2002 se město Pardubice stalo 100% vlastníkem společnosti EBA a.s.

Letiště je od svého otevření využíváno především lety v rámci General Aviation. Důležitou část letového provozu tvoří charterové lety tuzemských cestovních kanceláří v letní turistické sezóně. První chartery byly z letiště odlétány v roce 1996 pro CK Synthesia do Bulharska a Řecka. Pravidelně se však z Pardubic létá na dovolenou od roku 2000, kdy letiště začalo být využíváno pro lety na Mallorcu cestovní kanceláří Fischer. V roce 2005 byla nabídka prázdninových destinací s odlety z Pardubic zvětšena o Tunis s CK EXIM Tours a FIRO tour, ostrovy Kréta s CK FIRO tour a Djerba s CK Sunny Days  a o Bulharsko s CK Alexandria a pardubickou CK VVV tour. V sezóně 2006 přibyla Černá Hora s CK Kovotour+ a v letní sezóně 2007 je již nalétáváno 8 letních destinací (Tunis, Bulharsko, Kréta, Rhodos, Djerba, Turecko, Černá Hora).

Vedle tuzemských cestovních kanceláří tvoří důležitou část provozu letiště charterové lety pro ruské cestovní kanceláře, přepravující své klienty k návštěvě ČR. Při těchto letech jsou obsluhovány letouny B-737-300,400,500,800, B-757-200, Tu-204,Tu-214, Tu-154M ,Yak-42D.

Od svého otevření je letiště používáno i pro celonákladní lety především letouny Il-76, An-12, C-130 které se staly nedílnou součástí místního provozu. V roce 2005 bylo na letiště poprvé v jeho historii uskutečněno několik letů letounem An-124 Ruslan.

Otevřením letiště pro civilní letový provoz začal dlouhodobý proces, během něhož se existence a přítomnost regionálního mezinárodního letiště Pardubice pomalu dostává do podvědomí civilní letecké veřejnosti.